Este convento fue fundado 1588 bajo el patronato de la villa guipuzcoana, por disposición testamentaria de D. Pedro Arriarán. Además, el Concejo dio 1.000 ducados para su erección, y concedió el espacio suficiente para la construcción. Esta casa estaba situada en la diócesis de Pamplona y perteneció a la Provincia Agustiniana de Castilla. Se trataba de una casa pequeña, habitada por una decena de religiosos, que se dedicaba a la predicación y la confesión.
La vida monástica trascurrió con normalidad en los siglos siguientes, sin verse afectada por la coyuntura política o económica. Todo ello cambió con la invasión de la península por el ejército napoleónico en 1808, que invadió el territorio entrando por la frontera del río Bidasoa y ocuparon la zona del País Vasco. Como sucedió de forma general en toda España, el convento fue ocupado por las tropas, y los religiosos debieron abandonar el inmueble, además de sufrir el expolio de sus bienes por parte de los franceses. A la salida del ejército invasor en 1813 los agustinos recuperaron el edificio y las propiedades, que se encontraban en pésimas condiciones, por lo que la primera labor fue dedicar los medios de que disponían para el arreglo del convento y hacerlo habitable.
Apenas llevaban seis años de tranquilidad, cuando se produjo en España el golpe de Estado del general Rafael del Riego, que destituyó el gobierno de Fernando VII. Este general estableció un gobierno liberal, de tipo revolucionario, y una de las medidas impuestas fue activar las disposiciones desamortizadoras aprobadas en las Cortes de Cádiz y nunca llevadas a efecto. Se declaró el cierre de los conventos masculinos con menos de 12 religiosos y se prohibió recibir novicios, lo que suponía el cierre de varios centenares de edificios religiosos. Los agustinos tuvieron que abandonar el convento guipuzcoano y convertirse en exclaustrados y sus propiedades sacadas a la venta en pública subasta.
Con la Restauración del Absolutismo de Fernando VII en 1823 se devolvió a los religiosos sus conventos y propiedades. En el convento de Azpeitia vivían muy pocos religiosos, ya que algunos de los exclaustrados no volvieron al convento, sobreviviendo la casa a duras penas, con dos o tres agustinos. El año 1835, tras la caída del gobierno absolutista, se aplicaron las medidas liberales por el Gobierno Progresista del ministro Mendizabal. La más trágica para la vida religiosa en España fue la aprobación del Decreto de Desamortización, por el que se cerraban todos los conventos y monasterios y se confiscaban sus edificios y propiedades, que fueron declarados bienes nacionales y sacados a subasta para su venta.
La situación del convento de Azpeitia fue un poco especial, lo mismo que sucedió con otros de Navarra y el País Vasco. Los que permanecieron en la zona carlista, que duró hasta 1839, no fueron desamortizados y los religiosos pudieron residir en ellos, ni tampoco se confiscaron sus propiedades, aunque residían solamente dos religiosos en este convento. Al subir al poder el general Espartero y terminada la guerra carlista se procedió a clausurar los conventos de la zona carlista. Una vez comunicada la medida a finales de 1840 abandonaron el cenobio los dos agustinos que quedaban.
El Ayuntamiento de Azpeitia, según contemplaban las leyes, solicitó al Gobierno la cesión de parte del edificio para darle utilidad pública y el año 1842 fue concedido el inmueble. Una vez recibido se pensó en instalar escuelas públicas y alhóndiga. Más tarde los objetos litúrgicos que había en la iglesia fueron entregados al cura de la villa don Isidoro de Bengoechea. Años después, el edificio conventual se derrumbó y se mantuvo la iglesia, que ha sido convertida en un centro cultural, después de años de litigio entre el párroco y la villa por la ocupación de la iglesia, y que tiene por nombre “Sanagustín Kulturgunea” y está situado en el centro de la villa, al lado del Ayuntamiento
Fr. Ricardo Paniagua